Setting game ini berada di masa depan tepatnya pada abad ke 22. Sebuah kekuatan jahat telah mengubah benda-benda mati menjadi hidup dan menyerang penciptanya sendiri yaitu kaum manusia. Diantara para pengungsi, ada sekelompok tim ninja yang menunggu perintah untuk menyelamatkan dunia. Gameplay Moon Diver mirip dengan game-game Platformer lainnya, kamu harus maju sambil mengalahkan musuh-musuh yang ada sampai tiba di tempat boss.